正応４年（１２９１）亀山天皇の離宮が始まりの寺。応仁の乱で焼かれた後桃山時代に再建された。
京都五山（天龍寺・相国寺・建仁寺・東福寺・万寿寺）、鎌倉五山の上に置かれ、別格扱いとなっている。

寛永５年（１６２８）藤堂高虎によって寄進されたこの三門は高さ２２ｍある。
日本三大門のひとつ。

現在の法堂は明治に入り焼失したものを明治４２年（１９０９）再建したものである。

時間の都合で見られなかったが、これも明治時代に造られた琵琶湖疎水を流す水路閣が構内にある。