真言宗智山派の総本山で、成田山新勝寺、川崎大師平間寺、高尾山薬王院も同じ智山派の大本山とか。
山号は五百佛山（いおぶさん）、寺号は根来寺という。

もともとは根来山大伝法院の塔頭であったが豊臣秀吉によって焼かれ、のちに徳川家康の援助で再興。

金堂は明治時代に焼失、昭和５０年(１９７５)に宗祖弘法大師誕生１２００年を記念して再建した

明王殿には智積院のルーツの根来から持ってきたという不動明王像を祀っている。

大師堂は寛政元年（１７８９）再建されたもので、真言宗の開祖・空海（弘法大師）を祀るお堂で、真言宗系寺院に多く存在している。

市内のバスに乗って京都駅に向かうときよく見かけるお寺で気になっていたが今回ようやく拝観でき満足した。